El pabellón institucional se compone, en este orden, de tres colores: Blanco, Naranja y Azul (que guardan la misma simbología descrita en el significado del logo), distribuidos en tres franjas horizontales en igualdad de tamaño y proporción. Lleva en su centro el escudo iconográfico del logo: la CRUZ, que representa el origen cristiano y católico del carisma amigoniano. La bandera debe ser utilizada en todos los actos protocolarios y oficiales de la Universidad que requieren gran solemnidad. Por ser un emblema de gran arraigo corporativo, se le debe un máximo respeto; por ello, es importante tener en cuenta ciertos criterios sobre su cuidado y porte.

Con la bandera institucional no deben hacerse pliegues. Tampoco debe utilizarse como mantel. No colgarla ni fijarla en muros. Siempre debe estar en mástil (terminado en espera), no en moharra (punta de lanza). No debe tocar el suelo. No debe tener moños o nudos. Cuando la bandera esté inservible (por deterioro) se incinera, no se tira a la basura ni se recicla. El pabellón se ubica a media asta en asuntos de duelo o condolencias. Normalmente la bandera es compartida con el pabellón nacional y la del departamento; en tal sentido, la bandera de Colombia siempre debe ocupar el lugar de mayor honor; es decir, el de máxima preeminencia (debe ir en la mitad la bandera nacional, a su derecha debe ir la departamental y la izquierda la institucional. En el caso de que el número de banderas sea mayor por ser un encuentro entre universidades, hay dos formas de ubicarlas: en orden alfabético o por antigüedad de las Instituciones. Si nuestra Universidad es la anfitriona del evento se sigue la ubicación del punto anterior y luego se van instalando las banderas de las demás Instituciones (partiendo de su derecha) alternando las posiciones derecha e izquierda del resto de banderas.