La Universidad cuenta con una Estructura Orgánica y organigramas aprobados mediante Acuerdo Superior 04 del 13 agosto del 2019, con varias modificaciones surgidas según las necesidades del contexto y de la institución. Dicha estructura contempla subsistemas, garantiza la articulación, el diálogo y el mejoramiento continuo de las personas y de los procesos.

Cuenta con un organigrama general, organigramas especializados según los subsistemas, y de carácter funcional, se establecen las líneas de subordinación jerárquica y de otra índole.