La Universidad cuenta con una Estructura Orgánica aprobada mediante el Acuerdo Superior No. 01 del 17 de marzo de 2026, orientada a fortalecer la gobernanza institucional, la articulación de los procesos y el aseguramiento de la calidad. Esta estructura integra las funciones de docencia, investigación, extensión, internacionalización, bienestar y gestión administrativa, promoviendo el trabajo coordinado entre las diferentes dependencias. Asimismo, dispone de un organigrama general y estructuras funcionales que definen las relaciones de coordinación y dependencia, favoreciendo una gestión eficiente, transparente y alineada con el propósito institucional de formar para transformar.